Mardin Medreseler Koruma Derneği Başkanı İbrahim Yüksel, medresenin geri kalan yerlerinin de ortaya çıkması ve ziyarete açılması gerektiğini söyledi. Yüksel, "Artuklu döneminin Anadolu topraklarında gelişmeye başlayan ve bugüne kadar dünya çapında tesirleri devam eden ilk İslam medeniyetini başlangıç döneminde kurulan medreselerinden birisidir. 1003 yılların başlarında inşaatı tamamlanmış 2 katlı bir medrese olarak inşa edilmiştir. 1009'lü yılların başında çekilmiş bir fotoğrafta Muzafferiye Medrese'si çok açık ve net, ihtişamlı bir şekilde Zinciriye Medrese'sinin önünde belli oluyor. Artuklu Devletinin kudretini ve kudretli meliklerinden Muzaffer Karaaslan döneminde inşaa edilmiştir. Muzaffer Karaaslan döneminde de Artuklu Meliklerinin hepsinde olduğu gibi küresel bir düşünce hakim olmuş. Dünya çapında bir yönetim belirlenmiş. Bu çerçevede İslam birliği sağlanmak üzere vezirleri Mısır'a göndermişler ve İslam birliğini kurmaya çalışmışlar. İhtişamlı bir devrin mirasıdır Muzafferiye Medresesi" dedi.
Tarihi mekanının taşlarının orta mektebinde kullanıldığını aktaran Yüksel şöyle konuştu:
"1009'lerin ilk yıllarında Abdülhamit döneminde Olgunlaşma Enstitüsü kurulurken Muzafferiye Külliyesinin bünyesinde yer alan cami ve medrese kısmen tahrip edilmiş. Bu medresenin hemen yan tarafta olan Altunboğa Medrese'sinin ve kalede bulunan camiinin taşları ile enstitünün binası yapılmış. Taşlarının onarılması yerine orta mektebi yapmayı tercih etmişler".
Duvarlar arkasında kalan tarihi yerlerin de onarılıp ziyarete açılmasını bekliyoruz diyen Yüksel, "Külliye içerisinde Muzaffer Karaarslan’ın türbesi ve harabe vaziyette duran etrafı duvarlarla örülü bir şekilde duran bir cami mevcut, hala etrafı duvarlarla kaplıdır. Bunların gün yüzüne çıkması gerekiyor. Milli Eğitim Müdürlüğü sayesinde Muzafferiye Medrese'sinin 2-3 odası restore edilerek kullanıma açılmışsa bile kalan kısımların da onarılıp temizlenip ziyarete açılması, tarihin canlı tanığı olarak insanlığa sunulmasını bekliyoruz" diye konuştu.